科学与宗教的矛盾，是人蒙昧无知造成的，科学一直都在，没有改变。问题出在宗教混乱和堕落之人的局限性，不可避免的产生错误的世界观，导致科学宗教化，宗教利用科学，愚昧的赋予其神秘色彩，为宗教服务。随着科学的发展，科学家们发现其中的错缪，结果被宗教否定打压 ，这是产生宗教与科学纷争的原因，矛盾的性质，是宗教信仰与科学信仰之争，但宗教占据上层建筑 ，科学威胁挑战宗教的尊严和地位，科学在一段时期被宗教打压是必然的客观事实。
宗教不能否定科学，科学也不能否定宗教，因为二者是两个不同层面，不同的范畴。但是，那些假宗教，常常把一些科学现象解释为超自然的神秘显现，这是自欺欺人的愚蠢行为。
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